Makam Lily Wahid berada satu komplek dengan makam keluarga besarnya, seperti kakeknya K.H Hasyim Asy'ari, ayahnya K.H Wahid Hasyim, kakaknya Gus Dur, dan saudaranya yang lain.
Iring-iringan ambulans yang membawa jenazah Lily Wahid beserta rombongan mobil lainnya tiba di Ponpes Tebuireng sekitar pukul 15.40 WIB. Jenazah langsung dibawa ke masjid area pondok untuk dishalatkan. Setelah itu, jenazah dibawa ke lokasi makam yang tempatnya juga masih di area pondok.
Posisi makam Lily Wahid berdampingan dengan makam Ibu Nyai Hj. Nadhifa, istri dari K.H. Ahmad Baidowi Asro selaku pengasuh ke-3 Pesantren Tebuireng, dan berada di sebelah selatan makam Gus Dur.
Jenazah dimakamkan sekitar pukul 16.00 WIB. Selain keluarga dan kerabat, hadir dalam prosesi pemakaman itu, antara lain Gubernur Jawa Timur Khofifah Indar Parawansa, dan Bupati Jombang Mundjidah Wahab.
Gus Arif Rohman Wahid, salah satu keponakan almarhumah, mengatakan Lily Wahid selama hidupnya mengajarkan banyak hal, salah satunya menjadi orang yang pemaaf. Hal itu dialaminya sendiri saat bertemu dengan almarhumah.
"Untuk memaafkan itu memang membutuhkan suatu usaha yang luar biasa. Pada tahun 2006, saya bertemu dengan beliau di rumah di daerah Kemang Jakarta. Saat itu, hubungan saya memang kurang baik dengan beliau," katanya saat memberikan sambutan pada prosesi pemakaman.
Ia menuturkan pada pertemuan tersebut, Bu Lily (begitu Gus Arif Rohman memanggil almarhumah) mengatakan bahwa umurnya telah mencapai usia 60 tahun dan dirinya saat itu umur 31 tahun.
"Beliau berkata, mau sampai kapan hubungan yang tidak baik ini berlanjut. Bu Lily meminta maaf terlebih dahulu kepada saya dan saya memaafkan," katanya.
Gus Arif Rohman juga mengaku sangat dekat dekat tantenya itu, terlebih lagi tantenya sudah dianggap seperti ibu kandungnya sendiri. Ia bahkan tidak sungkan sekadar menyandarkan kepala di bahu Bu Lily.
Ia juga berterima kasih kepada pengasuh Pesantren Tebuireng K.H. Abdul Hakim Mahfudz (akrab disapa Gus Kikin) yang telah mengizinkan jenazah Lily Wahid bisa dimakamkan di komplek Pesantren Tebuireng tersebut.
Nyai Lily Khodijah Wahid meninggal dunia pada Senin (9/5) sekitar pukul 16.28 WIB di RSCM Jakarta.
Jenazah Lily Wahid sempat disemayamkan di rumah duka West Covina Blok SH 6/31, Kota Wisata Cibubur, Bogor, dan selanjutnya diberangkatkan pada Selasa pagi pukul 05.00 WIB melalui jalur darat menuju Pesantren Tebuireng Jombang.
Ratusan karangan bunga duka cita dari berbagai kalangan memenuhi halaman Pesantren Tebuireng, di antaranya dari Presiden Joko Widodo, Wakil Presiden K.H. Ma'ruf Amin, menteri kabinet, pimpinan MPR, DPR dan DPD, serta para kepala daerah.
