Klub Bavarian itu secara mengejutkan kebobolan pada menit ke-88 untuk menyamakan kedudukan sehingga diimbangi 1-1 dan kalah 1-2 secara agregat dari tim underdog itu.
Kekalahan ini membuat Nagelsmann melewatkan musim pertamanya bersama Bayern dengan kemungkinan hanya mendapatkan gelar juara liga setelah juga tersingkir dari Piala Jerman.
Baca juga: Liga Champions: Ancelotti senang Real Madrid lewati fase sangat kritis
Bayern unggul sembilan poin dari peringkat kedua Borussia Dortmund di puncak klasemen Bundesliga ketika musim ini tinggal menyisakan lima pertandingan lagi.
"Kami tersingkir dari Piala Jerman, tersingkir dari Liga Champions. Saya tidak menganggap ini cukup baik bagi Bayern. Kami menganggap semifinal sebagai target minimal kami dan kami gagal mencapainya," kata Nagelsmann. "Itu dianggap sebagai salah satu dari tiga kekalahan terbesar saya."
Tim Bavaria sudah kalah 0-1 dalam leg pertama di Spanyol pekan lalu ketika saat itu mereka beruntung tidak kebobolan lebih banyak lagi.
Baca juga: Liga Champions: Bayern Munich disingkirkan Villarreal setelah kalah agregat 1-2
Namun dalam leg pertama Rabu dini hari tadi, mereka mendominasi laga tetapi gagal menambah gol yang diciptakan Robert Lewandowski pada menit ke-52.
Thomas Mueller nyaris mencetak gol dengan sundulan sebelum pemain Villarreal Samuel Chukwueze mencetak gol saat istirahat untuk menghancurkan harapan tuan rumah.
Villarreal akan menghadapi Liverpool atau Benfica dalam babak empat besar. Saat ini Liverpool memimpin setelah menang 3-1 pada leg pertama di Portugal. Leg kedua akan dimainkan di Anfield, Kamis dini hari.
"Yang terjadi kami kalah dalam duel itu. Dari penampilan kami hari ini, Anda menyaksikan emosi dan taktik bagus yang kami terapkan. Ini sangat berlawanan dengan leg pertama," kata Nagelsmann.
"Kami tahu mereka bakal bertahan. Pada akhirnya kami gagal menciptakan gol kedua itu. Tekanannya bagus. Kami bertahan dengan baik. Kami mendominasi mereka selama hampir seluruh pertandingan, tetapi itu tidak penting karena kami telah tersingkir." (*)
